Управление ведомством, непосредственно, осуществляется Комиссаром по внутренним доходам: назначается президентом США, с согласия Сената, сроком на пять лет. Должность 47-го комиссара, с 2008-го года, занимает Дуглас Шульман — успешно управляющий службой уже на протяжении двух лет.
В Нью-Йорке, в одном из крупнейших мегаполисов в мире, работу службы выполняет четыре офиса: два в Манхеттене, один в Куинсе и один в Бруклине. В планах ведомства, ориентированных на вторую половину десятилетия — открыть дополнительный офис на Манхеттене.
Одним из самых спонсируемых отделов в Нью-Йорке, является Центр расследований Налогового управления США, успешно выполняющий свои функции в борьбе против незаконных налоговых схем и незаконных налоговых специалистов, заменяя сразу несколько привычных инстанций, как, например, отдел по расследованию коррупции в Куинсе.